十多年之后，李时珍(黄海冰 饰)和义弟李行义(万思维 饰)，还有李言闻(郭凯敏 饰)收养的好友之女斯语都长大成人。李行义跟着李言闻学习医术，李时珍则按照父亲的要求一心科举，只能暗地里偷学医术。李时珍入书院的第一天因抢了荆王世子朱成翊(王雨 饰)的风头，从此便成了朱成翊的眼中钉。在书院时间越长他与朱成翊的积怨越深。在王府的干预下，李时珍不得不退出书院，回家自学。不久，朱成翊的爱妃因喝了李言闻开的药后暴亡。朱成翊要斩李言闻，幸亏荆王府郡主朱苌葶(崔波 饰)出面求情。朱成翊答应给李家三天时间找出原因，否则定斩不饶。李时珍和李行义通过朱苌葶找到世子妃用过的药渣，发现里面少了一味叫黄精的药，而多了一味不知名的药，这让兄弟俩大为疑惑。